魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。國立魔法大學附設第一高中——通稱「魔法科高中」的這所學校，將學生分為成績優秀的「一科生」，以及後備遞補的「二科生」，他們各自被稱為「花冠」與「雜草」。而有一對親兄妹，在今年進入魔法科高中就讀。哥哥是背負某項缺陷的劣等生。妹妹是一切完美無缺的優等生。言行舉止帶著達觀氣息的劣等生哥哥，愛慕哥哥之心更勝親情的優等生妹妹。從兩人跨入這座名校校門開始，原本和平的校園，即將面臨風波不斷的每一天。